A principal desvantagem da radiografia panorâmica é que as imagens não apresentam um detalhe das estruturas anatômicas tão bom quanto das radiografias periapicais intra-orais (o exame de levantamento periapical completo é mais detalhado). Portanto, as radiografias panorâmicas não são tão úteis quanto as radiografias periapicais para a detecção de pequenas cáries, detalhes das estruturas periodontais para diagnóstico de periodontite. Tem algumas superfícies também se sobrepõem como dos dentes pré-molares.
Logo, a disponibilidade da radiografia panorâmica em paciente adulto normalmente não exclui a necessidade de radiografias intraorais para diagnóstico de patologias bucais mais comuns anteriormente citadas.
Outros problemas associados a panorâmica incluem ampliação desigual e distorção geométrica ao longo da imagem. Ocasionalmente, a presença de estruturas sobrepostas, como a coluna cervical pode mascarar lesões odontogênicas, particularmente na região de incisivos. Além disso, objetos clinicamente importantes podem estar situados fora do plano focal (plano de corte) e podem aparecer distorcidos ou não aparecer.